北京大學生育健康研究所的前身是北京醫科大學公共衛生學院保健流行病學研究室。2000年4月北京醫科大學與北京大學合并，在保健流行病學研究室基礎上成立了北京大學生育健康研究所。

北京大學生育健康研究所是北京大學“流行病與衛生統計學”教育部重點學科的組成部分，是衛生部生育健康重點實驗室，也是“中美婦女兒童與家庭健康合作項目”的執行單位和國際出生缺陷情報交換所成員。

實驗室擁有多臺先進儀器和設備，能夠進行多種分子生物學和營養生物化學實驗和測定。研究所負責編輯出版《中國生育健康雜志》。